В начале XX века жители поселка Усть-Баргузин обучались в Макарининской церковно-приходской школе. 
       В 1922 году детей стали обучать в Усть-Баргузине частные учителя на дому. В то время наш поселок располагался на правом берегу реки Баргузин, жителей было около 100 человек. 
       Начальная школа открылась в 1923 году, обучались 2 года. Детей обучали Штриль Цива Леонтьевна (первый директор), Жмотова Софья Васильевна, Шипунова Любовь Варфоломеевна; заведовал школой Гуревич Самуил Борисович. 
       В 1936 году школа стала неполной средней, ее директором был назначен Манзырев Иван Валерьянович. В это время стал развиваться рыбзавод- главное предприятие поселка, выросло население поселка, увеличилось количество школьников. 
В первые послевоенные годы (1946-1950) школа располагалась в здании купца Купера и в расположенном недалеко приспособленном здании. 
       Директором школы в 1946 году стал Шелковников Константин Матвеевич - участник Великой Отечественной войны. В январе 1943 года он был ранен под Сталинградом, после лечения в госпитале был демобилизован. В школе вел уроки истории и военного дела. 
       В 1951 году школа была реорганизована в среднюю, до этого среднее образование жители Усть-Баргузина могли получить только в Баргузине. 
       В связи со строительством Иркутской ГЭС ожидался подъем уровня Байкала и по решению Совета Министров Бурятской АССР в 1954 году начался перенос поселка на левый берег. Школьные здания переносили учителя, учащиеся и родители. 
       В 1965 году было построено новое типовое здание школы на 960 мест. В летнее время школа становилась строительным отрядом. В 1971 году силами учителей и учащихся было построено здание мастерских площадью 520 кв.м., в 1972 году - здание школьного клуба. Построены гаражи, спортивный гимнастический зал, другие учебные помещения. 
       На высоком уровне было техническое творчество учащихся, школа занимала первое место среди сельских школ. 
       С 1979 года школой руководила Балаганская Мария Александровна – Заслуженный учитель Бурятии, «Директор года -1997». По инициативе Марии Александровны школе присвоено имя Шелковникова К.М. Под её руководством внедрялись практико-ориентированные технологии по экологическому образованию. 
       В школе работал музей Ленина. Сейчас в школе работает краеведческий музей, в котором собраны материалы по истории школы, поселка, края. 
       В 1986г. образован Забайкальский государственный национальный парк, и школа тесно сотрудничает с ЗНП. 
       1997г. школа - лауреат всероссийского конкурса «Школа года». 
       2001г. Средняя общеобразовательная школа ноосферного образования с углублением 2 и 3 ступени. вошла в Университетский комплекс «БГУ- школа» . 
       С 2001г. школой руководит Вильмова Марина Георгиевна - «Почетный работник общего образования РФ». 
       В 2005 г. школа – финалист Республиканского конкурса « Лучшие школы Бурятии» в номинации «Школа здоровья».